東北地理所在Trends in Plant Science發(fā)表空間微生物組評(píng)述論文
微生物在微觀尺度上彼此之間以及與它們的多細(xì)胞宿主之間相互作用，形成復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)空間模式。以往的技術(shù)，包括16S/18S/ITS擴(kuò)增子測(cè)序和宏基因組測(cè)序，缺乏同時(shí)研究宿主與其眾多定殖微生物之間空間相互作用的能力。這種局限性阻礙了對(duì)植物或動(dòng)物組織內(nèi)宿主與微生物相互作用的理解。空間宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)（SmT）和空間宿主微生物群落測(cè)序（SHM-seq）技術(shù)是一項(xiàng)最近新興的技術(shù)，該技術(shù)利用16S rRNA、18S rRNA、ITS和poly-d(T)多模式陣列來同時(shí)表征組織中宿主的轉(zhuǎn)錄組和微生物組。相對(duì)于傳統(tǒng)的高通量測(cè)序和體內(nèi)成像技術(shù)，該技術(shù)能獲取來自宿主的空間轉(zhuǎn)錄組信息以及植物微結(jié)構(gòu)上相關(guān)微生物的分布信息。
目前，團(tuán)隊(duì)已建立該空間宏基因組技術(shù)分析體系，相關(guān)內(nèi)容在Trends in Plant Science發(fā)表Technology of the Month評(píng)述論文。東北地理所項(xiàng)目聘用穆朋為論文第一作者，李向楠研究員為通訊作者。研究得到了中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)（XDA28020400）和國家自然科學(xué)基金（32372228）的共同資助。
SmT/ SHM-seq的技術(shù)原理及流程
論文信息:
Peng Mu,Weiqiang Li,Lam-Son Phan Tran,Xiangnan Li. (2024),SmT/SHM-seq: simultaneously capturing spatial transcriptome and microbiome information in plants. Trends in Plant Science,29,11:1277-1278.
論文鏈接：
https://doi.org/10.1016/j.tplants.2024.09.010.
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