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2009年12月29日，我所“黑土區農業生態重點實驗室”通過中國科學院組織的評估、論證，被正式批準為中國科學院重點實驗室。
該重點實驗室是在集成我所哈區30年黑土科研積淀和長春所區農業科技資源，共享海倫國家黑土農業生態試驗站、德惠黑土研究基地、大安堿地生態試驗站等研究平臺，整合“黑土生態實驗室、作物生理生態實驗室和黑龍江省黑土生態重點實驗室”的基礎上成功申請的。
該實驗室將以土壤生態學和農業生態學為學科基點，瞄準國際前沿和國家戰略需求，立足我國東北黑土核心區，圍繞黑土質量演變與驅動機制、作物生產力與生理生態機理、農田生態系統過程與結構優化開展基礎性、前瞻性、戰略性創新研究，這對于保障國家糧食安全和生態安全目標、提升農業生態學研究水平和促進研究所學科建設均具有十分積極的重要意義。
這也是我所繼2008年獲得首個院級重點實驗室“濕地生態與環境重點實驗室”之后，連續晉升的第二個院級重點實驗室，它標志著我所以“重點實驗室”為核心的科研平臺建設躍上新臺階。
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